De prachtige bomen zijn een belangrijk onderdeel van het park en omgeving. Door de jaren heen zijn ze verschillende keren onderwerp van gesprek geweest. Eerst in 1938, toen enkele bewoners bij de gemeente een verzoek indienden:
Door verschillende bewoners van het Wilhelminapark is een adres aan den raad gezonden waarin gevraagd wordt om sterke snoeiing of gedeeltelijke rooiing van boomen in het Wilhelminapark
Volgens de B&W zou dit wellicht een waardevermindering van de huizen een verminking van de gemeente betekenen. In 1955 werd opnieuw een verzoek ingediend door enige bewoners van Wilhelminapark 21-31. De volgroeide eiken zouden te veel zonlicht wegnemen en het verzoek was om ze dan maar te rooien.
De reactie van de gemeente was volstrekt anders dan in 1938. Om ook toekomstige klachten voor te zijn werd niet alleen het verzoek ingewilligd, maar zouden alle bomen preventief gerooid worden. Gelukkig kwamen andere bewoners van het park hier tegen in opstand en uiteindelijk is – als compromis – alleen het orginele verzoek ingewilligd.
Bij de herinrichting van het park in 2018 zijn er 7 oude eiken zijn gerooid, maar tegelijkertijd zijn 22 nieuwe eiken geplant.
In mei 2022 ontvangen de bewoners van het park een brief waarin wordt aangekondigd dat de grote zomereik in het midden van het park gekapt moet worden, in verband met aantasting door de platte tonderzwam.
In de aankondiging refereert de gemeente naar het planten van de bomen in het park rond 1900 en suggereert dat ook deze boom daar onderdeel van was. Dit lijkt onjuist, aangezien op een foto uit 1900 duidelijk zichtbaar is dat er naast de aangeplante bomen er twee bomen zijn die al op het terrein van Endegeest stonden vóór de ontwikkeling van het park. Ondanks dat je naast de vijver enkel de takken van deze boom kunt zien, is overduidelijk dat dit op dat moment al een volwassen boom betreft.
